肠道气体的组成不仅不同个别间存在差异，而且在肠道不同部位也不尽相同。例如胃内的气体组成与我们呼出的气体组成相似，从肛门排出的气体，其组成成分改变很大。根据一项对20名正常个别进行的研讨，肛门排出的气体主要组成由氮气（59%）,氢气（20.9%）CO2(9%),CH4(7.2%),O2(3.9%)和H2S(0.00028%).CO2，H2，和N2是排出气体的最常见组成成分。CH4的含量变异较大。对20个受试者进行的研讨中，12能检测到CH4的存在，气所占份额从0%至30.3%不等。H2S的含量很少，与CH4相同，并不是所有受试者均能检测到。这项研讨还显示，人体肛门排气的速度约为1.48ml/min（2.1L/24h）.气体研讨者也发现，肛门排气的量从每天400ml至1200ml不等。99%以上的H2在大肠中发生。关于禁食的正常受试者，小肠内的H2含量极少甚至检测不到。这可能与结肠的菌群数明显多于小肠有关。存在小肠细菌过度生长（SIBO）的患者，其小肠内H2的发生明显增加。此外CH4也不是小肠内的常见气体。