甲烷对人体基本上是无毒的，但浓度过高，空气中的氧含量会大大降低，人体会窒息。当空气中甲烷含量达到25-30%时，会导致头痛、头晕、疲劳、注意力不集中、呼吸加快、心跳加快以及共济失调。如果不及时分离，可能导致窒息和死亡。皮肤接触液化产品可能导致冻伤。